El 15 de abril de 1941, el Excmo. y Rvdmo. Sr. Dr. D. Prudencio Melo y Alcalde (1860-1945), Arzobispo de Valencia erigió canónicamente numerosas parroquias para la Archidiócesis de Valencia, una de ellas, la de San Francisco de Borja, en el emblemático barrio de Ruzafa, desmembrada de la Real Parroquia de San Valero Obispo y San Vicente Mártir. La sede provisional de la parroquia queda instalada en la capilla de San Pablo de la Cruz que la comunidad de Padres Pasionistas tenía en la calle Sueca nº25.

El 1 de julio de 1942 es nombrado párroco el Rvdo. Sr. Dr. D. José María Mateu Climent (1899-1976), el cual tomó posesión de su cargo en septiembre de ese mismo año. El marco social de la época se ve agravado por las consecuencias de la Guerra Civil Española (1936-1939).

Poco tiempo después de la toma de posesión del primer Cura-Párroco, se compra el solar que abarca los números 53 de la calle Cuba y 24 de la calle Literato Azorín.

El 9 de noviembre de 1946, queda bendecido e inaugurado el templo provisional ubicado en la calle Literato Azorín 24 y por tanto la comunidad parroquial abandona la capilla de San Pablo de la Cruz y se traslada a su nueva sede. Ese mismo día pero de un año más tarde, el Excmo. y Rvdmo. Sr. Dr. D. Marcelino Olaechea Loizaga (1888-1972), Arzobispo de Valencia, bendice la primera piedra del templo definitivo, que estará ubicado en la calle Cuba 53, cuya construcción comenzó el día 10 de agosto de 1954. El proyecto corrió a cargo del arquitecto D. Luis Albert Ballesteros y el constructor D. Francisco Gil Colomer.

Mientras se consolida el templo de piedras vivas, va edificándose el templo material, bendecido e inaugurado el 7 de octubre de 1961, por el Excmo. y Rvdmo. Sr. Dr. D. Rafael González Moralejo (1918-2004), Obispo Auxiliar de Valencia. A la celebración se unieron numerosas autoridades civiles y familias de la demarcación parroquial.

El 18 de noviembre de 1968, es aceptada la renuncia por razones de edad del Dr. D. José María Mateu, pasando a condición de emérito, y es nombrado Cura-Regente, el Rvdo. Sr. D. Ubaldo Barberá Bono (1913-1984). Comienza así una nueva etapa para la parroquia, se renueva el mobiliario del templo, el presbiterio, el altar mayor, el altar de la Virgen de los Desamparados y se edifica la casa-abadía así como locales para fomentar las actividades parroquiales con jóvenes y adultos. Las paredes del templo son revestidas con pinturas y murales encargados a D. Miguel Vaquer Calumarte, bendecidas por el Excmo. y Rvdmo. Sr. Dr. D. José María García Lahiguera, Arzobispo de Valencia, el 14 de octubre de 1973, con motivo de la Clausura del IV Centenario la muerte de San Francisco de Borja.

El 6 de mayo de 1984, el Rvdo. Sr. D. José María Albert Carpio, hasta el momento Coadjutor, toma posesión como Cura-Párroco de la misma. Se crea el Movimiento Junior y numerosos grupos juveniles y de apostolado seglar. El 3 de octubre de 1990, queda inaugurada la capilla de la comunión.

El 13 de diciembre de 1992, el Excmo. y Rvdmo. Sr. Dr. D. Agustín García-Gasco y Vicente, Arzobispo de Valencia, consagró y dedicó el templo parroquial.

Tras el fallecimiento de D. José María Albert, toma posesión como Cura-Párroco el Rvdo. Sr. D. José Francisco Castelló Colomer, el 30 de septiembre de 2012. Se mejora la iluminación, la megafonía, se instalan tres nuevas vidrieras laterales y las tres de la fachada delantera y se realizan numerosas mejoras materiales. Tras el nombramiento de D. José Francisco Castelló como Canónigo de la Santa Iglesia Catedral de Valencia, toma posesión como nuevo Cura-Párroco, el Rvdo. Sr. D. Pedro Miret Giner, el 8 de octubre de 2017.