El 15 de abril de 1941, el Excmo. y Rvdmo. Sr. Dr. D. Prudencio Melo y Alcalde (1860-1945), Arzobispo de Valencia, erigió canónicamente numerosas parroquias para la Archidiócesis de Valencia, entre ellas la de San Francisco de Borja, en el emblemático barrio de Ruzafa, desmembrada de la Real Parroquia de San Valero Obispo y San Vicente Mártir. La sede provisional de la nueva parroquia quedó instalada en la capilla de San Pablo de la Cruz, que la comunidad de Padres Pasionistas tenía en la calle Sueca nº 25.

El 1 de julio de 1942 fue nombrado párroco el Rvdo. Sr. Dr. D. José María Mateu Climent (1899-1976), quien tomó posesión de su cargo en septiembre de ese mismo año. El contexto social de la época se encontraba gravemente marcado por las consecuencias de la Guerra Civil Española (1936-1939).

Poco tiempo después de la toma de posesión del primer cura-párroco, se adquirió el solar comprendido entre los números 53 de la calle Cuba y 24 de la calle Literato Azorín.

El 9 de noviembre de 1946 fue bendecido e inaugurado el templo provisional, situado en la calle Literato Azorín nº 24, trasladándose la comunidad parroquial desde la capilla de San Pablo de la Cruz a su nueva sede. Ese mismo día, un año más tarde, el Excmo. y Rvdmo. Sr. Dr. D. Marcelino Olaechea Loizaga (1888-1972), Arzobispo de Valencia, bendijo la primera piedra del templo definitivo, que se ubicaría en la calle Cuba nº 53. La construcción comenzó el 10 de agosto de 1954. El proyecto fue obra del arquitecto D. Luis Albert Ballesteros y la ejecución corrió a cargo del constructor D. Francisco Gil Colomer.

Mientras se consolidaba el templo de piedras vivas, se iba edificando el templo material, que fue bendecido e inaugurado el 7 de octubre de 1961 por el Excmo. y Rvdmo. Sr. Dr. D. Rafael González Moralejo (1918-2004), Obispo Auxiliar de Valencia. A la celebración asistieron numerosas autoridades civiles y familias de la demarcación parroquial.

El 18 de noviembre de 1968 fue aceptada la renuncia por razón de edad del Dr. D. José María Mateu, pasando a la condición de emérito, y fue nombrado cura-regente el Rvdo. Sr. D. Ubaldo Barberá Bono (1913-1984). Se inició así una nueva etapa en la vida parroquial: se renovó el mobiliario del templo, el presbiterio, el altar mayor y el altar de la Virgen de los Desamparados; se edificó la casa-abadía y diversos locales destinados a fomentar las actividades parroquiales con jóvenes y adultos. Asimismo, las paredes del templo fueron revestidas con pinturas y murales encargados a D. Miguel Vaquer Calumarte, que fueron bendecidos por el Excmo. y Rvdmo. Sr. Dr. D. José María García Lahiguera, Arzobispo de Valencia, el 14 de octubre de 1973, con motivo de la clausura del IV Centenario de la muerte de San Francisco de Borja.

El 6 de mayo de 1984, el Rvdo. Sr. D. José María Albert Carpio, hasta entonces coadjutor, tomó posesión como cura-párroco. Durante su ministerio se creó el Movimiento Junior y numerosos grupos juveniles y de apostolado seglar. El 3 de octubre de 1990 fue inaugurada la capilla de la Comunión.

El 13 de diciembre de 1992, el Excmo. y Rvdmo. Sr. Dr. D. Agustín García-Gasco y Vicente, Arzobispo de Valencia, consagró y dedicó el templo parroquial.

Tras el fallecimiento de D. José María Albert, tomó posesión como cura-párroco el Rvdo. Sr. D. José Francisco Castelló Colomer el 30 de septiembre de 2012. Durante su etapa se mejoraron la iluminación y la megafonía, se instalaron tres nuevas vidrieras laterales y las tres de la fachada principal, además de realizarse numerosas mejoras materiales.

En ese tiempo tuvo lugar en nuestra parroquia la grabación de un fragmento de la película El mayor regalo, dirigida por Juan Manuel Cotelo, estrenada en noviembre de 2018.

Tras el nombramiento de D. José Francisco Castelló como Canónigo de la Santa Iglesia Catedral de Valencia, tomó posesión como nuevo cura-párroco el Rvdo. Sr. D. Pedro Miret Giner el 8 de octubre de 2017.

A finales de 2017, la Asociación Apostolado de la Divina Misericordia de Valencia estableció su sede en nuestra parroquia. El 8 de abril de 2018 fue bendecido y entronizado el Cuadro de la Divina Misericordia por el Excmo. y Rvdmo. Sr. D. Manuel Ureña Pastor, Arzobispo emérito de Zaragoza.

El sábado 6 de octubre de 2018 se celebró en nuestra parroquia la primera Misa con las Familias, por deseo expreso de nuestro párroco D. Pedro Miret, con el fin de reunir a todas las familias de la pastoral parroquial en torno a la celebración de la Eucaristía.

El 19 de febrero de 2019 comenzaron los trabajos de restauración del lienzo de la Anunciación, obra de D. Miguel Vaquer, que presentaba un notable deterioro físico. El 14 de septiembre de ese mismo año se celebró por primera vez en nuestra parroquia la fiesta en honor al Santísimo Cristo de la Providencia.

El 27 de septiembre de 2020, al término de la solemne Eucaristía en honor a San Francisco de Borja, y en presencia de los Padres Jesuitas, D. Pedro Miret hizo pública la decisión de encargar una nueva imagen de nuestro santo titular, a tamaño natural, destinada al presbiterio del templo. En ese mismo acto se anunció la solicitud al Sr. Cardenal-Arzobispo de Valencia de la concesión de un Año Jubilar con motivo del 350.º aniversario de su canonización y el 450.º aniversario de su muerte. El 1 de octubre de 2021, la Santa Sede decretó un Año Jubilar en honor a San Francisco de Borja y, el día 3 del mismo mes y año, el Excmo. y Rvdmo. Sr. D. Javier Salinas Viñals abrió la Puerta Santa de nuestro templo jubilar.

El 2 de octubre de 2022, nuestro párroco clausuró la Puerta Santa, tras la celebración de un Año Santo de especial relevancia para la comunidad parroquial.

El 1 de octubre de 2023 fue bendecida la capilla de nuestro Centro Parroquial. En noviembre de ese mismo año se presentó el segundo boceto, de tamaño intermedio (aproximadamente noventa centímetros de altura), también realizado en barro cocido, de la nueva imagen de San Francisco de Borja. Finalmente, tras un largo proceso de secado del tronco de madera, el 21 de diciembre del año siguiente se procedió a la talla inicial de la imagen, que pasó posteriormente al taller para su perfilado definitivo.

El domingo 3 de marzo de 2024, III Domingo de Cuaresma, al término de la Eucaristía parroquial de las 12:00 h, se dio lectura pública al acta que iba a ser introducida en el interior de la nueva imagen de San Francisco de Borja, firmada por nuestro párroco el 1 de febrero, coincidiendo con el 476.º aniversario de la profesión solemne del santo duque como religioso de la Compañía de Jesús. Los fieles que lo desearon pudieron firmar una segunda acta que dejaba constancia de lo anterior. El jueves 7 de marzo, el rescripto fue introducido en el interior de la imagen por nuestro párroco y varios miembros del Consejo de Pastoral Parroquial. Las actas se depositaron en un tubo portadocumentos junto con periódicos y monedas de curso legal, quedando la apertura completamente sellada.

Los días 19, 20 y 21 de abril de 2024 recibimos la Imagen Peregrina de la Virgen de los Desamparados. El 7 de septiembre de ese mismo año recibimos, además, las reliquias de San Francisco de Borja.

El 12 de septiembre de 2024 se celebró el XVI Encuentro Nacional de la Divina Misericordia.

El 3 de noviembre de 2024 fueron despedidas las reliquias de nuestro santo titular. El día 30 de ese mismo mes fue presentada a la comunidad parroquial la nueva imagen de San Francisco de Borja.